仁和寺の始まり
 
仁和寺の歴史は仁和２年（886年）第58代光孝天皇によって「西山御願寺」と称する一寺の建立を発願されたことに始まります。
しかし翌年、光孝天皇は志半ばにして崩御されたため、第59代宇多天皇が先帝の遺志を継がれ、仁和４年（888年）に完成。寺号も元号から仁和寺となりました。
　
●隆盛と衰退
 
宇多天皇は寛平９年（897年）に譲位、後に出家し仁和寺第１世 宇多（寛平）法皇となってから、皇室出身者が仁和寺の代々門跡（住職）を務め、平安〜鎌倉期には門跡寺院として最高の格式を保ちました。
しかし応仁元年（1467年）に始まった応仁の乱で、仁和寺は一山のほとんどを兵火で焼失するという悲運に見舞われました。そんな中、本尊の阿弥陀三尊をはじめ什物、聖教などは仁和寺の院家であった真光院に移され、法燈とともに伝えられていきました。
　

●江戸時代の復興
 
 
応仁の乱から約160年後の寛永11年（1634年）、ようやく再興の機会が訪れます。『仁和寺御伝』によれば、同年７月24日、仁和寺第21世 覚深法親王は、上洛していた徳川幕府３代将軍家光に仁和寺再興を申し入れ、承諾されるのです。
さらには慶長度の御所造替とも重なり、御所から紫宸殿（現 金堂）、清涼殿（御影堂）など多くの建造物が下賜され、正保３年（1646年）に伽藍の再建が完了。ようやく創建時の姿に戻ることが出来たのです。
●近世の仁和寺
 
 

 
慶応３年（1867年）、第30世 純仁法親王が還俗したことにより皇室出身者が門跡となる宮門跡の歴史を終えます。また、明治20年（1887年）には御殿の焼失がありましたが、大正時代に再建。
昭和時代に入ると、仁和寺は真言宗御室派の総本山となり、近年では平成６年（1994年）に古都京都の文化財の１つとしてユネスコの「世界遺産」に登録され、新たな歴史を刻んでいます。