まなびの森ミュージアムは、旧陸軍第19旅団司令部を改装した施設です。
　1897年（明治30年）、現在の京都教育大学の場所に、第19旅団司令部、京都連隊区司令部、歩兵第38連隊がおかれました。1908年（明治41年）には、これらを統括する第16師団もこの地にやってきて、のどかだっ た深草の地は、軍事的な要地へとかわっていきました。1909年（明治42年）測量の二万分一地形図にも、この建物が「旅団」とみえています。現在、石川県金沢市の金沢城公園には、第6旅団司令部が残っていますが、 これと本学のものとは瓜2つの外観をもっており、同じ規格で建てられたと考えられます。
　日中戦争が本格化するなか、第16師団は上海、南京へと転戦し、第19旅団は第19歩兵団へ編成替えとなります。太平洋戦争で彼らがフィリピンへ移動すると、第53歩兵団がここにおかれましたが、これもビルマ（ いまのミャンマー）へ出征してしまい、1945年（昭和20年）には京都地区司令部が入って、終戦をむかえました。
　アメリカ軍の藤森キャンプとなったこの地に、京都教育大学の前身である京都学芸大学が移ってきたのは、1957年（昭和32年）のことです。その後、この建物は、学長室や職員会館として使われてきましたが、2010年（平成22年）、大学のあゆみや教材・教具・作品等の資料を展示する施設となり、学内の公募によって「まなびの森ミュージアム」という名称があたえられました。また、2013年（平成25年）には、京都市から「京都を彩る建物や庭園」に認定されました。